يروي "كود ليوكو" قصة مجموعة من الطلاب الذين اكتشفوا كونًا موازًا يُدعى ليوكو داخل جهاز كمبيوتر فائق مهدد ببرنامج مُرتد يُدعى XANA يمكن أن يدمر العالم.